Schon in der Urzeit dürfte unser Landstrich bereits besiedelt gewesen sein, allerdings sind Funde aus der frühesten Zeit der menschlichen Kultur nur spärlich vorhanden. Reichere Zeugnisse stammen aus der jüngeren Steinzeit (Neolithicum). So ist eine Fundstelle der ältesten Linearbandkeramik im Südosten der Gemeinde Prellenkirchen dokumentiert. Die dort zahlreich angefundenen Keramikbruchstücke können in die Zeitspanne von etwa 4700 - 4400 v. Chr. eingeordnet werden und sind bis heute für die wissenschaftliche Beurteilung der ältesten Linearbandkeramik von größter Bedeutung. Auch aus der Bronze- und Eisenzeit sind Funde aus unserem Raum bekannt. Um die Zeitenwende hatte das römische Reich seinen Einflussbereich auch nach Norden hin ausgedehnt. Unser Landstrich war damals Teil der Provinz Noricum. Prellenkirchen lag an einer wichtigen Römerstraße zwischen Carnuntum und Ad Flexum (Ungar. Altenburg). Aus der Gegend von Deutsch-Haslau sind römische Funde von Münzen und Gebrauchsgegenständen erhalten.
Um 900 n. Chr. erfolgte die Gründung von "Prebilenkirchen" (Prellenkirchen) durch den slawischen Grundherrn Prebila (Briwala). Das 11. Jahrhundert war für unsere Gegend die wichtigste Kolonisationsperiode. Die ersten Häuser der Gemeinde hatten sich um das wehrhafte Wasserschloss Prellenkirchen gruppiert, das über Jahrhunderte das eigentliche Zentrum der Ansiedlung gewesen war. Überragt wurde die Siedlung von der auf der kleinen Anhöhe errichteten Wehrkirche.
Die früheste, ausdrückliche Erwähnung des Ortes Deutsch-Haslau fällt in das Jahr 1074, enthalten in einer Urkunde Heinrichs IV. Schönabrunn wird 1083 in einer Schenkungsurkunde genannt, in der es unter anderem neben Deutsch-Haslau als Tochterkirche der Pfarre Hainburg aufscheint; der Name der Siedlung selbst ist gewiss älter (9. Jh.). Vom 12. bis ins ausgehende 15. Jahrhundert gehörte unsere Gegend der Herrschaft der Kranichberger an.
Um das Jahr 1349 war die Region von der ersten Pestepidemie betroffen, weitere Seuchen sollten in den kommenden Jahrhunderten noch folgen. Während des großen Türkenzuges des Sultans Soliman wurden die damals bei Prellenkirchen gelegenen Siedlungen Steinabrunn und Prellenthal verwüstet und in der Folge nicht wieder aufgebaut. Prellenkirchen selbst wurde niedergebrannt. Noch 15 Jahre später gab es keine Kirche und nur wenige instandgesetzte Häuser. Um die verödeten Siedlungen wiederaufzubauen, waren die Grundherren interessiert, neue Siedler zu gewinnen. So war auch Prellenkirchen 1544 gemischtsprachig besiedelt. Eine zeitlang stellten die zugezogenen, aus ihrer Heimat vertriebenen Kroaten die Mehrheit im Ort. Im Zuge des nationalungarischen Aufstandes unter der Führung des Siebenbürger Fürsten Bocskay wurde Prellenkirchen 1605 von dessen Scharen abermals niedergebrannt; bis 1620 kam es wiederholt zu Ungarneinfällen. Im Türkenjahr 1683 wurde die Gegend abermals verwüstet und geplündert, die Bevölkerung getötet oder verschleppt.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts fielen die Kuruzzen in unseren Raum ein, und die Ortschaften wurden wiederum gebrandschatzt und ausgeraubt. Im Jahr 1809 bekam Prellenkirchen die Auswirkungen der Franzosenkriege zu spüren. Einquartierungen, Requirierungen und Plünderungen durch Marodeure musste die geplagte Bevölkerung über sich ergehen lassen. Während der Revolution von 1848/49 war unsere Gegend Aufmarsch- und Kampfgebiet der kaiserlichen Truppen.
Der Erste Weltkrieg brachte für die Orte keine unmittelbaren Kriegsfolgen, doch hatte die Bevölkerung die Verluste an Toten sowie die wirtschaftlichen und politischen Auswirkungen ebenso wie die übrigen Österreicher zu tragen. Für Unruhe sorgten 1921/22 ungarische Feischärler, die im Zusammenhang mit der Eingliederung des Burgenlandes in unser Gebiet vordrangen. Die ersten Jahre nach Kriegsausbruch 1939 blieben wieder vorerst ohne unmittelbare Kriegsfolgen. Ab 1944 begannen die Bombenangriffe; an der Straßengabelung zwischen Prellenkirchen und Hundsheim wurden Flakstellungen errichtet. Im April 1945 marschierte die Russische Armee ein, nachdem schon vorher endlose Kolonnen von Flüchtlingen und zurückströmenden deutschen Truppenverbänden durchmarschiert waren. Nach dem Krieg galt es, enorme Aufgaben zu bewältigen, da die wirtschaftlichen Verhältnisse völlig desolat waren.
Durch den Zusammenschluss der Gemeinden Prellenkirchen, Deutsch-Haslau und Schönabrunn 1972 entstand die Großgemeinde Prellenkirchen, 1982, im Jahr des 850-jährigen Bestehens von Prellenkirchen, erfolgte die Erhebung zur Marktgemeinde.